傳染病防治：
38項急、慢性傳染病、及突發性傳染病疫情之監測、通報、管控、宣導與民眾衛生教育等防疫工作。

性病、愛滋病防治工作

新感染病防治：
醫院感染控制、港埠疫情監測。

地方病防治工作：
烏腳病、油症患者等。

結核病防治工作：
直接觀察計劃執行。

外籍勞工健康管理：
健康檢查核備工作、聘僱外勞工廠衛生輔導、講習及健檢指定醫院品質之輔導。

營業衛生場所(浴室業、游泳場所業、美髮業、理燙髮業、美容業、旅館業、娛樂業、電影片映演業)衛生輔導及推動衛生自主管理工作。