具商業登記或公司登記業者，宜以工商憑證辦理登錄，食品藥物業者登錄平台將會自動介接工商登記之業者基本資料，基本資料欄位只需確認無誤即可，不需再重複登打。農會及財團法人等申請憑證種類為組織及團體憑證，可以組織及團體憑證登入登錄平台，惟業者需自行填入基本資料，但仍可進行登錄。除上述憑證外，業者亦可以自然人憑證或健保卡方式登錄。
