民國71年臺東縣衛生局大樓啟用紀念
民國 34 年 8 月 15 日，日本投降，臺灣光復，中央政府頒布「臺灣省行政長官公署組織條例」，並於同年 12 月 11 日公佈「臺灣省縣政府組織規程」，於民國 35 年 1 月 12 日成立臺東縣政府，依據組織規程第八條，花蓮、臺東、屏東縣共設六科，分別為：秘書室、民政科、財政科、教育科、建設科、警務科。其中民政科掌理地方自治、戶籍及人事登記、人民團體、合作事業、社會福利、禁煙禁毒、衛生行政等事項。故本局成立之沿革，係由光復前「臺東廳警務課衛生系」為前身，於民國 34 年奉行政長官公署令改為「臺東縣政府民政科衛生股」。民國 36 年奉令改為「臺東縣衛生院」，內設醫政股、防疫股、保健股、總務股等四股，院址設於當時之臺東鎮中正里卑南路。民國 39 年 4 月 24 日，公佈「臺灣省各縣市實施地方自治綱要」，民國 40 年 1 月便公佈「臺灣省各縣（市）政府組織通則」，縣行政組織調整為：縣市政府置縣市長、下設民政局（科）、財政局（科）、衛生院等。其中衛生院掌理衛生行政及技術事項。
根據《臺灣地區公共衛生發展史（六）》中所述，省衛生處奉令疏遷至霧峰鄉後，為了業務需要，仍在臺北設置「臺灣省政府衛生處留駐臺北辦事處」，45年8月3日啟用。嗣後業務逐漸擴充，各縣市衛生院仍維持原建制，惟業務受省衛生處指揮與監督。50年8月，臺灣省開始實施地方自治，各地衛生院改制為衛生局，臺北陽明山管理局仍設衛生院，直接由地方縣市政府管轄；省衛生處從此退居輔導地位，不再指揮、監督地方衛生局業務，僅就衛生技術方面提供指導；但衛生局長任免，仍須事前徵得省衛生處同意。
56年12月，臺北市政府改制為直轄市，臺北市衛生局、陽明山衛生院、省立臺北醫院（即現制臺北市立聯合醫院中興院區）及各該所屬機構，亦隨同改隸臺北市政府。是以，民國50年3月27日，原有的「臺灣省各縣（市）政府組織通則」修改為「臺灣省各縣（市）政府組織規程準則」並公佈。縣市行政組織因而調整，衛生院改為衛生局，故於民國50年7月2日，縣府新組織規程，經省府核准實施，民政科、建設科、衛生院改制設局，民國51年9月11日改制 ， 為「臺東縣衛生局」，內設一、二、三、四課、衛生試驗室、主計及人事等七個單位，局址設在當時之臺東鎮中正路衛生巷二。嗣後隨著臺灣省各縣市衛生局組織規程修正，其內部組織擴展至五個課及衛生檢驗室、主計室及人事管理員，為其總務事務則未單獨設置單位，經指定課員兼辦。民國68年衛生檢驗室改為第六課。
民國71年11月於現址臺東縣台東市博愛路336號新建辦公大樓落成啟用迄今。民國72年修正「臺東縣政府組織規程」，其中第五條：「本府設下列局、處，為附屬機關，分掌有關事項。21.警察局：掌理警察、警衛、民防、動員及戶政等事項。2.衛生局：掌理衛生、保健、環境清潔及環境保護等事項。3.稅捐稽徵處：掌理縣各項稅捐稽徵事項，並代徵國、省稅。」民國 73 年本局增設第七課，主管食品衛生。民國 79 年臺東縣環境保護局成立，衛生局第二課主辦之環境衛生保護業務，移轉其管轄。民國 84-86 年編撰公共衛生發展史第 3 冊時，設有七課三室，編制員額四十一人，時任局長為陳宜冠。
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