政風室
依法辦理政風、機關安全維護暨公務機密維護之處理及協調業務。
人事室
依法辦理人事管理事項。
會計室
依法辦理歲計、會計,並兼辦統計事項。
企劃及行政科
研考、為民服務、法制作業、衛生局對所屬衛生所考核計畫、醫療統籌基金計畫、文書、庶務、出納、資訊、財產、衛生局所建築設備等。
食品藥政科
心理衛生及檢驗科
保健科
長期照顧科
醫政科
疾病管制科
各項傳染病個案通報監測及管理、腸病毒防治、登革熱防治、愛滋病及性病防治、醫院感染控制管理及查核、H5N1流感監測作業、因應流感大流行策略及評核整備計畫、H1N1新型流感防治、疫情調查、港埠疫情監控、環境消毒、衛生教育宣導。
外國人(移工)健康檢查核備
肺結核疾病監測及管理、衛生教育宣導、卡介苗接種業務。
各鄉鎮市衛生所